Die Arbeit in den Bereichen Aufführungspraxis: Musikpädagogik / Musikforschung und Musikinstrumentensammlung stellt eine der Grundlagen des Institutes für Aufführungspraxis dar. Musizierpraktische Fragen zur Interpretation von Werken aus der 1. Hälfte des 18. Jahrhunderts führten im Jahr 1972 zur ersten internationalen wissenschaftlichen Begegnung. Seitdem pflegt das Institut in jedem Jahr den Disput von Musikwissenschaftlern und Musikpraktikern zu Themen der Aufführung von Barockmusik. Gerade die barockmusikalisch so reiche Region Mitteldeutschland erfordert zur Aufarbeitung ihrer Einflüsse, aufführungspraktischen Traditionslinien und Auswirkungen Podien der wissenschaftlichen Diskussion.
Die Michaelsteiner Sammlung von historischen Musikinstrumenten ist Hintergrund für die seit 1981 jährlich stattfindenden Symposien zum Musikinstrumentenbau. Diese behandeln jeweils wechselnde Instrumentenfamilien in ihrer Entwicklung und profilieren die instrumentenkundliche Auseinandersetzung in der Sammlungsbetreuung. Der Gedankenaustausch zwischen Musikwissenschaftlern, Museologen, Interpreten, Instrumentenbauern und Restauratoren ist ein wichtiges Bindeglied in der interdisziplinären Kommunikation. Aspekte zum Bau, der Akustik und der Restaurierung überlieferter Originalinstrumente besitzen für die historische Aufführungspraxis einen hohen Stellenwert. Die Verbindung von historischen, angewandten und systematischen musikwissenschaftlichen Arbeitsfeldern mit der Praxis wird in diesem Rahmen von der internationalen Fachwelt sehr geschätzt.
Ihre Dokumentation finden die Ergebnisse der Arbeitstagungen und Symposien durch die Publikation in der Schriftenreihe "Michaelsteiner Konferenzberichte". Darüber hinaus bietet die Publikationsreihe "Michaelsteiner Forschungsbeiträge" die Möglichkeit, Fragen der Aufführungspraxis zu behandeln und den aktuellen Wissensstand zu vermitteln.

Weitere Schwerpunkte der mitteldeutschen Landschaftsforschung sind die regionale Musikkultur von Blankenburg als Stadt und ehemalige Residenz des Herzogtums von Braunschweig-Lüneburg sowie in ihrem regionalgeschichtlichen Kontext fortwirkende Komponisten wie Georg Philipp Telemann, Johann Friedrich Fasch oder der etwas unbekanntere Gottfried Heinrich Stölzel. Zur Erschließung seiner Leistungen soll mittelfristig das am Institut entstehende Verzeichnis der Werke von Gottfried Heinrich Stölzel beitragen.
Bisher kaum beachtete Werke werden durch umfassende Projekte wieder erlebbar. Dies beginnt bei der Quellenermittlung und der Quellenbewertung, führt über neu hergestelltes Notenmaterial zu Konzerten und reicht bis zu CD-Aufnahmen mit international anerkannten Interpreten.
Zukünftig ermöglicht die Noteneditionsreihe "Michaelsteiner Musikarchiv", diese aus der wissenschaftlichen und aufführungspraktischen Arbeit des Musikinstitutes hervorgehende Kompositionsauswahl unter wissenschaftlichen Kriterien für die Praxis zu edieren.
In Kooperation mit Partnern aus Kultur und Medien wurden dadurch neben einigen Einzelwerken u.a. folgende Werke oder Sammlungen neu zugänglich: Andreas Hammerschmidt - Kirchen- und Tafelmusik, Gottfried Heinrich Stölzel - Kantaten zu Pfingsten aus dem Kantatenjahrgang 1736/37, Georg Philipp Telemann - Der Messias, Georg Gebel - Weihnachtsoratorium und Neujahrsoratorium. Hervorhebenswert ist hierbei die Förderung einzelner Vorhaben durch die Ständige Konferenz Mitteldeutsche Barockmusik.
Eng mit der institutionellen Musikforschung verbunden, besitzen diese Projekte einen besonderen Stellenwert im eigenen Konzert- und Weiterbildungsangebot. Sie folgen dem Anliegen der Stiftung, musikalisches Erbe aufzuarbeiten, zu erforschen und zu bewahren.